A második világháború után a Japánban működő Szövetséges Parancsnokság új ügynökséget hozott létre a terrorizmus és az erőszak kezelésére a csendes-óceáni térségben. Az ügynökséget nindzsákkal töltötték fel, és kezdetben a belső problémák intézésével bízták meg őket. Végül ez a program a jelenlegi formájára nőtt, amely már 20 000 nindzsát irányít a belföldi és nemzetközi ügyek széles skáláján. Az egyik ilyen nindzsa Kurou, a tizenhét éves gimnazista lúzer, akinek az a feladata, hogy a következő védelmi vonal legyen a Tokiót megszálló külföldi bérgyilkosok ellen.